تحميل برنامج راستوب

الخطوة الأولى :

توجد طريقتين لتحميل برنامج Rastop هما :

مباشرة من هذا الموقع بالنقر على Rastop ، في هذه الحالة يتم تثبيته بشكل مضغوط يتطلب فتحه توفر برنامج Win RAR أو

Win Zip ليتم استخلاصه بشكل ملف عادي .

من شبكة الانترنيت انطلاقا من الموقع الأصلي http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm بإتباع الخطوات التالية

بعد الدخول إلى الموقع السابق انقر على T�l�chargement





تظهر لك نافذة تتطلب التسجيل في الموقع ثم تحميل البرنامج Enregistrer



ادخل بريدك الالكتروني و بعض المعلومات وكلمة المرور.

بعدها يقوم المستخدم بالدخول إلى بريده الالكتروني و جلب اسم المستخدم و كلمة المرور لاستعمالها فيما بعد.




انقر على Ex�cutable et r�pertoire d 'aide فيتم تحميل البرنامج في النافذة الموالية.




يتطلب تشغيل البرنامج تحميل بعض ملفات البروتينات المرافقة له والتي يجب أن تكون موجودة معه في نفس الملف

يتم الحصول عليها بالنقر على T�l�charger les DLL de Rastop .

الانتقال إلى الخطوة الثانية : تحميل ملفات البروتينات

الخطوة الثانية

توجد الملفات الأصلية للبروتينات في بنك خاص يسمى بنك البروتينات ( Prot�ine Data Bank ( PDB، وكل بروتين له رمز واحد خاص به فمعرفته تسهل الحصول على ملفات البروتينات ، ونظرا لكثرة عدد البروتينات التي توجد في بنك PDB ( أكثر من 43633 ) قمنا بوضع بعض ملفات البروتينات في هذا الموقع لتسهيل تحميلها من طرف المتعلم ، بالنقر على اسم البروتينات المدونة في الجدول الموالي تظهر لك نافذة T�l�chargement de Fichierانقر علىEnregistrer ليتم حفظ الملف في المجلد الذي اخترته ، في هذه الحالة يتم تحميله بشكل مضغوط يتطلب فتحه توفر برنامج Win RAR أو Win Zip ليتم استخلاصه بشكل ملف عادي .

ملاحظة : يستحسن وضع ملفات البروتينات التي تم حملها في نفس المجلد الذي تم فيه وضع برنامج راستوب .



تصنيفه
رمزه الموافق
اسم البروتين

إنزيم مرتبط بالركيزة
1HEW
Lysozyme

إنزيم الليزوزيم مرتبط بـNAG6
1LZS
Lysozyme

إنزيم كربوكسيبتيداز
3CPA
Carboxyptidase

هرمون الأنسولين (الإنسان)
2hiu
Insuline

بروتين دموي
1A6G
Myoglobine



بروتين دموي


2DN1
Oxyh�moglobine

2DN3
carbomnonoxyh�moglobine

2DN2
D�oxyh�moglobine

بروتين مناعي
IGGTOTAL
Immunoglobulin

IGG - LYS Fab fragment -entibody

البروتينات الناقلة
1SUK
Facilitative glucose transporter

1WPE
Pompe de Calcium



الأنظمة الضوئية


1JBO
Photosystem I(PSI)

2AXT
Photosystem II(PSII)

ATP Synthas
1C17
ATP Synthas F0

1E79
ATP Synthas F1

قناة البوتاسيوم
1BL8
Potassium channel protein

مستقبل الاسيتيل كولين
2BG9
The Nicotinic acetylcholine receptor




أما إذا أردت الحصول على ملفات أخرى من البروتينات اتصل بالموقع الأصلي http://www.rcsb.org/pdb ، الذي يحتوي على ملفات لمعلومات عن بنية ثلاثية الإبعاد للجزيئات الكبيرة ( الحموض النووية،البروتينات....)، للحصول على ملف البروتين اتبع الخطوات التالية:

بعد الدخول إلى الموقع تظهر لك نافذة قم بإدخال رمز البروتين في مستطيل البحث.

انقر على الأمر Search تظهر نافذة تحتوي على ملفات خاصة للبروتين.

اختر ملف البروتين الذي تريد دراسته حسب الركيزة و المصدر .

انقر على الأمر Download ثم اختر شكل الملف على صورة PDB .

تظهر نافذة صغيرة لتحميل ملف البروتين اختر المجلد الذي تريد أن تحفظه فيه ثم انقر على OK .

ماذا يعني ملف PDB ؟

هو ملف نصي يصف وضعية الذرات المكونة للجزيئة في أبعادها الثلاثة منها : البروتينات ، الأحماض النووية و الجزيئات البسيطة كالأحماض الأمينية و الماء...

الانتقال إلى الخطوة (3) : أساسيات استعمال البرنامج .

عند فتح مجلد Rastop الذي تم تحميله يكون بالنقر مرتين على أيقونة البرنامج تظهر النافذة الرئيسية للعرض الموضحة في الشكل أسفله.












تعليمات وأوامر راستوب: تسمح بتغيير طريقة العرض ، اللون والقياس ... تابع الشرح المفصل

نافذة العرض : يعرض فيها البروتين المدروس .

لوحة التحكم :تسمح بـ: تغيير الحركة من حيث الدوران ، التكبير والتصغير.

إعطاء معلومات حول البروتين .

تظهر النافذة الرئيسية فارغة ، ولعرض البروتينات فيها يتطلب فتح أحد ملفات البروتينات .

فتح ملف البروتين :

نشط التعليمة Fichier /Ouvrir تظهر نافذة بعنوان Ouvrir ، اختر ملف البروتين الذي تريده ، كاختيارك مثلا إنزيم الليزوزيم الذي رمز(1HEW)



انقر على Ouvrir يظهر على النافذة الرئيسية للبرنامج إنزيم الليزوزيم .


تدوير وتحريك البروتين :

يتم تدوير الجزيئة بإتباع إحدى الطريقتين :

1) باستعمال الفأرة : حيث الزر الأيمن يسمح بتحريك الجزيئة من اليسار إلى اليمين أو من الأعلى إلى الأسفل ، أما الزر الأيسر يسمح بتدوير الجزيئة

حسب المعالم X,Y,Z

2) باستعمال لوحة التحكم وذلك بـ :

الزر Pivoter النقر عليه يعمل على تدوير الجزيئة .

الزر Trans /Zoom تنشيطه وتحريك المسطرة (Z) يسمح بتكبير أو تصغير جزيئة البروتين.

الزرRot: تنشيطه وتحريك المسطرة (X ,Y ,Z) يسمح بتحريك الجزيئة في موضعها بالنسبة لمركز المعلم الفضائي X ,Y,Z

تغيير عرض البروتين :

تغيير طريقة العرض تسمح لنا بالتعرف على جوانب مختلفة للبروتين، وذلك بالنقر على أزرار العرض مباشرة من النافذة الرئيسية للبرنامج

لاحظ نتيجة تغيير نموذج العرض .



إعطاء معلومات حول البروتين

افتح ملف بروتين( 1HEW ) ثم انقر على Mol�cule / Information / Mol�cule


تظهر النافذة المقابلة تعطي معلومات بسيطة حول : اسم البروتين

تصنيفه ،عدد(المجاميع ،الذرات و الروابط ) وعدد التراكيب الحلزونية

أما إذا أردت الحصول على معلومات مفصلة عن البروتين انقر

Mol�cule / Fichier mol�cule

يتم فتح نافذة تعطي ملف البروتين على شكل( pdb).







: مبادئ أساسية لاستعمال البرنامج

إن فهم البنية الفراغية للبروتينات باستعمال برنامج راستوب تتطلب من المتعلم من التمكن من تحديد :

تسلسل وموقع الأحماض الأمينية في البنية الفراغية.

تمثيل الهيكل الكربوني وتحديد موقع الرابطة الببتيدية .

اختيار ذرة أو حمض أميني وتميزه عن العناصر الأخرى .

قياس المسافة بين ذرات الأحماض الأمينية المكونة للجزيئة .

تغيير لون الجزيئة أو جزءا منها .

البنية الثانوية للبروتين .


تسلسل وموقع الأحماض الأمينية في البنية الفراغية

إن ترتيب الأحماض الأمينية خطيا وارتباطها بواسطة الرابطة الببتيدية يعبر عن البنية الأولية للبروتين ، لمعرفة ترتيبها في البروتين ، افتح

ملف بروتين مثلا الأنسولين (2hiu)

انقر على Mol�cule / Information / Groupe s�lectionn� تظهر النافذة التي تعطي جميع الأحماض الأمينية ، تكرارها ورقمها .





من خلال النافذة يمكن تحديد الحمض الأميني الأول والأخير.

شكرا جزيلا